Struktur kepengurusan Perkumpulan PIONER Tanah Papua ditetapakn sesuai dengan Anggaran Dasar (AD) dan Anggaran Rumah Tangga (ART) terbagi menjadi yaitu Pendiri, Anggota Pelaksana. Khusus untuk anggota perkumpulan merupakan individu-individu baik dari Pendiri maupun Pelaksana yang terpilih melalui Rapat Anggota sebagai bagian dari Anggota Perkumpulan.